Το Εθνικό Κέντρο Αναφοράς για το Γονόκοκκο (ΕΚΑΓ) εδρεύει στο Εργαστήριο Βακτηριολογίας του Ελληνικού Ινστιτούτου Παστέρ. Ως Κέντρο Αναφοράς άρχισε να λειτουργεί το 1987, με την υπ’ αριθμ. πρωτ. Α1/5755/15-6-1987 απόφαση του Υπουργείου Υγείας. Η δραστηριότητά του, όμως,  χρονολογείται από το 1981, οπότε ξεκίνησε στο Ε.Ι.Π. το πρώτο στην Ελλάδα ερευνητικό πρόγραμμα με αντικείμενο τη Neisseria gonorrhoeae. Σκοπός του Κέντρου είναι η παρακολούθηση των επιδημιολογικών τάσεων της γονόρροιας και της αντοχής της Neisseria gonorroeae στα αντιβιοτικά. Επίσης, η ανάλυση μηχανισμών αντοχής, που είτε πρωτοεμφανίζονται είτε παρουσιάζουν μεγάλη εξάπλωση στο δείγμα γονοκόκκων που απομονώνονται στην Ελλάδα.
  
ΡΟΗ ΔΕΙΓΜΑΤΩΝ  (κατά την τελευταία πενταετία): 165 δείγματα ετησίως (μέσος όρος πενταετίας 2005 – 2007)

Το Κέντρο Αναφοράς για το Γονόκοκκο:

• Συλλέγει αναφορές και επεξεργάζεται επιδημιολογικά δεδομένα για τα περιστατικά γονοκοκκικής λοίμωξης που καταγράφονται στα συνεργαζόμενα Νοσοκομεία ή σε οποιοδήποτε  Κέντρο Υγείας της Ελλάδας που διαθέτει τέτοια στοιχεία και επιθυμεί να συνεργαστεί. Η συλλογή επιδημιολογικών δεδομένων γίνεται βάσει προτυποποιημένου ερωτηματολογίου που έχει καταρτιστεί από το ΕΚΑΓ και μοιράζεται στα συνεργαζόμενα Κέντρα.  Με βάση τα στοιχεία αυτά, το ΕΚΑΓ εκτιμά την ετήσια επίπτωση των λοιμώξεων από N. gonorrhoeae και παρακολουθεί σε συνεχή βάση τα επιδημιολογικά χαρακτηριστικά της γονόρροιας στην Ελλάδα.
   
• Καταρτίζει και συντηρεί συνεχόμενη συλλογή γονοκόκκων, η οποία αριθμεί σήμερα περίπου 2700 χαρακτηρισμένα στελέχη.
  
  
• Τυποποιεί τα γονοκοκκικά στελέχη που παραλαμβάνει με: (α) αυξοτυπία, βάσει των τροφικών τους απαιτήσεων, (β) οροτυπία με τη χρήση μονοκλωνικών αντισωμάτων έναντι της κύριας πρωτεϊνης Ι της εξωτερικής γονοκοκκικής μεμβράνης, (γ) ανάλυση πλασμιδιακού περιεχομένου, (δ) ανάλυση γενωμικού DNA σε ηλεκτροφόρηση παλλόμενου πεδίου.
   
• Εξετάζει την ευαισθησία των γονοκόκκων στα αντιβιοτικά που προσφέρονται για τη θεραπεία της γονόρροιας και αναλύει μηχανισμούς αντοχής που είτε εμφανίζονται για πρώτη φορά είτε παίρνουν σημαντικές διαστάσεις στο ελληνικό δείγμα γονοκόκκων.
  
  
• Διεξάγει ερευνητικό έργο με αντικείμενα την επιδημιολογία της γονόρροιας και τη βιολογική βάση της αντοχής της N. gonorrhoeae στα αντιβιοτικά.
  
  
•  Εκπαιδεύει επιστήμονες και τεχνολόγους και υποστηρίζει την εκπόνηση διδακτορικών διατριβών σε σχετικά με το γονόκοκκο θέματα.
  
  
• Ενημερώνει σε ετήσια βάση το Υπουργείο Υγείας (Δ/νση Δημοσίας Υγιεινής) για τα ευρήματά του.
  
  
• Ανακοινώνει τα αποτελέσματα και συμπεράσματά του στην ελληνική και διεθνή επιστημονική κοινότητα και τα δημοσιεύει σε τακτά χρονικά διαστήματα σε έγκυρα διεθνή επιστημονικά περιοδικά. Τα κυριότερα ευρήματα για κάθε έτος ανακοινώνονται επίσης στον δικτυακό τόπο του ΕΙΠ (βλ. Πρακτικά ΕΚΑΓ-2007)