Εργαστήριο Ιατρικής Μικροβιολογίας | Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ

Εργαστήριο Ιατρικής Μικροβιολογίας

Διονύσιος Σγούρας | Τμήμα Μικροβιολογίας

Διευθυντής Ερευνών

Επικοινωνία:

ΣΚΟΠΟΣ

Η ερευνητική δραστηριότητα του Εργαστηρίου Ιατρικής Μικροβιολογίας (ΕΙΜ) επικεντρώνεται στη μελέτη αφ’ ενός μηχανισμών παθογένειας μικροοργανισμών και αντίδρασης του ξενιστή, με πρότυπο το ανθρώπινο γαστρικό παθογόνο Helicobacter pylori αφ’ ετέρου δε, στην εργαστηριακή επιτήρηση και μοριακή επιδημιολογία μικροοργανισμών που αποτελούν απειλή για τη Δημόσια Υγεία σε συνεργασία με τα Εθνικά Εργαστήρια Αναφοράς του ΕΙΠ.

ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΑ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΑ

Το H. pylori έχει χαρακτηριστεί ως ο αιτιολογικός παράγοντας εμφάνισης χρόνιας γαστρίτιδας και πεπτικού έλκους καθώς και ως βασικό παράγοντα κινδύνου για την ανάπτυξη γαστρικού αδενοκαρκινώματος (1^ης τάξης καρκινογόνο, Π.Ο.Υ.).

Ερευνητικά εργαλεία που χρησιμοποιούνται στο εργαστήριο περιλαμβάνουν:

Συστήματα πειραματικής in vitro H. pylori λοίμωξης, γαστρικών επιθηλιακών κυτταρικών σειρών (AGS, N-87, MKN45 κ.λπ.) με κλινικά ή εργαστηριακά βακτηριακά στελέχη μεταλλαγμένα ή μη
H. pylori in vivo ζωικά πρότυπα (Sydney strain 1 και HPARE στελέχη σε C57BL6 ποντικούς), ιστοπαθολογική εκτίμηση της συνοδού γαστρίτιδας, σύμφωνα με το τροποποιημένο σύστημα κατά Sydney.
Βιοτράπεζα κλινικών στελεχών με αντίστοιχες γαστρικές βιοψίες και δείγματα αίματος από συμπτωματικούς ασθενείς (ενήλικες και παιδιά), με πλήρες ιστορικό κλινικών συμπτωμάτων και αναφορές γαστρεντερικής παθολογίας.
Ανάλυση μικροσυστοιχιών και RNAseq πειραματικά μολυσμένων γαστρικών επιθηλιακών σειρών με προσαρμοσμένα στο εργαστήριο, μεταλλαγμένα ή μη βακτηριακά στελέχη.

Δραστηριότητες αναφορικά με το H.pylori:

Μηχανισμοί βακτηριακής παθογένειας

Μελέτη του ρόλου των παραγόντων παθογένειας του H. pylori CagA και VacA όσον αφορά στην επαγωγή φλεγμονώδους απόκρισης σε in vitro πειραματική H. pylori λοίμωξη γαστρικών επιθηλιακών κυττάρων και συμπτωματικών ασθενών (Papadakos et al. Helicobacter 2013; Papadakos et al. PLoS One 2013; Panayotopoulou et al. J Clin Microbiol 2007; Sgouras et al. J Clin Microbiol 2009; Panayotopoulou et al. J Clin Microbiol 2010).
Διερεύνηση των μηχανισμών με τους οποίους παράγοντες του H. pylori μπορούν να προωθήσουν ιστική αναδιαμόρφωση του χορίου στο βλεννογόνο, μέσω επαγωγής των μεταλλοπρωτεϊνασών θεμέλιας ουσίας (MMPs). Ταυτοποίηση και χαρτογράφηση βασικών σηματοδοτικών μονοπατιών που οδηγούν στην ενεργοποίηση συγκεκριμένων MMP- ειδικών ή –σχετιζόμενων καθοριστών (Sougleri et al. FEBS J 2015; Costa et al. J Infect Dis 2016).
Χαρακτηρισμός του φάσματος της γενετικής και επιγενετικής ποικιλότητας μη παθογόνων H. pylori στελεχών, απομονωμένων από χρόνιους φορείς. Ταυτοποίηση μοριακών χαρακτηριστικών, τα οποία πιθανόν συμβάλλουν στην παθολογία, συγκρίνοντας το μοριακό πρότυπο από καλοήθεις μολύνσεις με το αντίστοιχο από στελέχη ασθενών με γαστρικό καρκίνο ή/και προκαρκινικές αλλοιώσεις. Συμμετοχή στο Helicobacter pylori Genome Project: understanding a bacterial carcinogen, χρηματοδοτούμενο από το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου (NCI), των Εθνικών Ινστιτούτων Υγείας των ΗΠΑ.
Συμμετοχή σε διεθνείς ερευνητικές συνεργασίες μελέτης των παραγόντων παθογένειας του H. pylori (Altman et al. J Med Microbiol 2012; Bugaytsova et al. Cell Host & Microbe 2017; Mueller et al. J Clin Invest 2012).

Αξιολόγηση αντιβακτηριακής και αντιφλεγμονώδους δραστηριότητας, χρησιμοποιώντας πειραματικά συστήματα μόλυνσης για ταυτοποίηση:

Νέων φαρμάκων και φυσικών προϊόντων (Paraschos et al. Antimicrob Agents Chemother 2007).
Μελών του γαστρεντερικού μικροβιώματος με προβιοτικές ιδιότητες (Sgouras et al. Applied Environmental Microbiology 2004; Sgouras et al. Clin Diagn Lab Immunol 2005).

Εργαστηριακή επιτήρηση αντιμικροβιακής αντοχής του H. pylori σε κοινά αντιβιοτικά, τα οποία χρησιμοποιούνται σε σχήματα εκρίζωσης.

Συμμετοχή σε κλινικές μελέτες για την εκτίμηση της αποτελεσματικότητας της θεραπείας εκρίζωσης (Georgopoulos et al. Helicobacter 2013; Georgopoulos et al. Eur J Intern Med 2016).
Καταγραφή της ευαισθησίας στα αντιβιοτικά του H. pylori σε εθνικό (Martinez-Gonzalez et al. Helicobacter 2015) και διεθνές επίπεδο (Third European Multi-center study on antibiotic susceptibility of Helicobacter pylori.).

Συμμετοχή του προσωπικού του ΕΙΜ (Δρ. Μεντής, Δρ. Σγούρας, Δρ. Martinez-Gonzalez) στην ομάδα ειδικών που καταρτίστηκε από την Ελληνική Γαστρεντερολογική Εταιρεία, για την ομοφωνία ως προς τον καθορισμό των κατευθυντηρίων οδηγιών σχετικά με τη διάγνωση, την κλινική διαχείριση και τη θεραπεία της H. pylori λοίμωξης στην Ελλάδα.

Β. Υπηρεσίες Δημόσιας Υγείας.

Κατά τη διάρκεια αναδυόμενων επιδημιών ή/και πανδημιών, το προσωπικό του ΕΙΜ παρέχει υποστήριξη στην εφαρμογή νέων τεχνολογιών και κατάλληλων λειτουργικών διαδικασιών με σκοπό την ανάπτυξη νέων διαγνωστικών εργαλείων για εργαστηριακή έρευνα και μοριακή φυλογενετική ανάλυση ιικών, βακτηριακών και παρασιτικών μολύνσεων. Για το λόγο αυτό, έχουν αναπτυχθεί και εφαρμόζονται σύγχρονες μοριακές μέθοδοι γενετικού χαρακτηρισμού και φυλογενετικής/φυλοδυναμικής ανάλυσης μολυσματικών παραγόντων, καθώς και μεταγενωμική ανάλυση της σύστασης μικροβιακών κοινοτήτων με χρήση δεδομένων ανάγνωσης αλληλουχίας επόμενης γενιάς (NGS), με την πρόσληψη ειδικευμένου προσωπικού στη βιο-πληροφορική ανάλυση (Δρ. Καραμήτρος). Προς αυτή την κατεύθυνση, μέλη του ΕΙΜ (Δρ. Σγούρας και Δρ. Μεντής) έχουν συμμετάσχει μέσω του προγράμματος FP7-INFRASTRUCTURES-2010-1, στην προπαρασκευαστική φάση της Ευρωπαϊκής Υποδομής ERINHA (European Research Infrastructure for Highly Pathogenic Agents), με σκοπό την λειτουργία μίας πανευρωπαϊκής κατανεμημένης ερευνητικής υποδομής υψηλής βιοασφάλειας, για τη μελέτη μικροοργανισμών υψηλής παθογένειας ομάδας-4. Η συμμετοχή αυτή παρείχε στο προσωπικό του ΕΙΜ την πρόσβαση σε τεχνογνωσία, διαδικασίες και υποδομές απαραίτητες για την μελέτη με παθογόνα ομάδας κινδύνου -4 ή/και άγνωστα παθογόνα, καθώς και την εκπαίδευση σε διαδικασίες χειρισμού υπό συνθήκες αρνητικής πίεσης και υψηλού περιορισμού κινδύνου. Το ΕΙΜ συμμετέχει μέσω του προγράμματος ERINHA2 H2020-INFRADEV-1-2015-2 στην προπαρασκευαστική φάση της Ευρωπαϊκής υποδομής ERINHA

ΧΡΗΜΑΤΟΔΟΤΗΣΗ

Αναδιάρθρωση Μονάδας Εμβολίων -“Development of Innovative Biological products and services for infectious and neurodegenerative diseases”	2017-2020	Ίδρυμα Σταύρος Νιάρχος 810,000 €
Helicobacter pylori Genome Project: understanding a bacterial carcinogen. International collaborative project funded by the National Institutes of Health and the National Cancer Institute	2016-2017	(NIH/NCI) εσωτερικό πρόγραμμα, USA
ERINHA2 (689622) “European Research Infrastructure on Highly Pathogenic Agents”, H2020-INFRADEV-1-2015-2.	2015-2017	ΕΕ 45,187 €
SIEMENS Hellenic Pasteur Institute Business Plan for the development of Next Generation Sequencing Technology aiming to improved diagnosis, laboratory surveillance and control of Infectious Diseases	2015-2017	GSRT 230,000 €
HHPSG National Multicenter Laboratory Surveillance Study on antibiotic susceptibility of Helicobacter pylori.	2012-2016	Ελλ. Εταιρ. Γαστρεντερολογίας και η Ελλ. Ομάδα Μελέτης του H. pylori
InfeNeuTra-2012 (MIS-450598) “Infectious and neurodegenerative diseases in the 21st Century: Basic Mechanisms to translational research for diagnosis, prevention and therapy”	2012-2015	GSRT

ΕΚΠΑΙΔΕΥΣΗ

ΔΗΜΟΣΙΕΥΣΕΙΣ

Diechler S, Chichirau BE, Posselt G, Sgouras DN, Wessler S. (2021). Helicobacter pylori CagA EPIYA Motif Variations Affect Metabolic Activity in B Cells. Toxins (Basel); 13(9):592. doi: 10.3390/toxins13090592.

Bousali, M., Dimadi, A., Kostaki, E.-G., Tsiodras, S., Nikolopoulos, G.K., Sgouras, D.N., Magiorkinis, G., Papatheodoridis, G., Pogka, V., Lourida, G., Argyraki, A., Angelakis, E., Sourvinos, G., Beloukas, A., Paraskevis, D., Karamitros, T. (2021) SARS‐CoV‐2 molecular transmission clusters and containment measures in ten European regions during the first pandemic wave. Life; 11 (3), 219, doi: 10.3390/life11030219.

Saliba L., Zoumpopoulou G., Anastasiou R., Hassoun G., Karayiannis Y, Sgouras D., Tsakalidou E., Deiana P., Montanari L. and Mangia N.P. (2021) Probiotic and safety assessment of Lactobacillus strains isolated from Lebanese Baladi goat milk International Dairy Journal; 120, 105092.

Kontizas, E. and D. N. Sgouras. “Review – Pathogenesis of Helicobacter pylori infection” (2021) Microb Health Dis; 3: e539 part of the Special Issue: The Year in Helicobacter 2021, 34th International Work-shop on Helicobacter & Microbiota in Inflammation & Cancer Virtual Conference, 12 September 2021

2021

Kontizas, E.; Tastsoglou, S.; Karamitros, T.; Karayiannis, Y.; Kollia, P.; Hatzigeorgiou, A.G.; Sgouras, D.N. (2020). Impact of Helicobacter pylori Infection and Its Major Virulence Factor CagA on DNA Damage Repair Microorganisms; 8(12), 2007.

2020

Mangia, N.P.; Saliba, L.; Zoumpopoulou, G.; Chessa, S.; Anastasiou, R.; Karayiannis, Ι.; Sgouras, D.; Tsakalidou, E.; Nudda, A. (2019) Goat Milk with Different Alpha-s1 Casein Genotype (CSN1S1) Fer-mented by Selected Lactobacillus paracasei as Potential Functional Food. Fermentation; 5, 55. https://doi.org/10.3390/fermentation5030055

2019

Georgopoulos SD, Papastergiou V, Martinez-Gonzalez B, Xirouchakis E, Familias I, Sgouras D, Mentis A, Karatapanis S. (2018) Hybrid therapy as first-line regimen for Helicobacter pylori eradication in a high clarithromycin resistance area: a prospective open-label trial. Ann Gastroenterol. Mar-Apr; 31(2):205-210. doi: 10.20524/aog.2017.0221.

2018

Bugaytsova J, Chernov YA, Gideonsson P, Henriksson S, Mendez M, Sjöström R, Mahdavi J, Shev-tsova A, Quintana-Hayashi M, Ilver D, Moskalenko R, Aisenbrey C, Bylund G, Schmidt A, Moonens K, Björnham O, Brännström K, Königer V, Vikström S, Rakhimova L, Ögren L, Hofer A, Liu H, Goldman M, Whitmire JM, Younson JS, Kelly CG, Gilman RH, Chowdhury A, Mukhopadhyay AK, Nair BG, Papadakos KS, Martinez-Gonzalez B, Sgouras DN, Engstrand L, Unemo M, Danielsson D, Suerbaum S, Oscarson S, Morozova-Roche L, Gröbner G, Holgersson J, Esberg A, Strömberg N, Eldridge A, Chromy BA, Hansen LM, Solnick JV, Schedin S, Lindén SK, Haas R, Dubois A, Merrell DS, Remaut H, Arnqvist A, Berg DE, Borén T. (2017) Adaptation of the oncopathogen H. pylori during chronic in-fection and to gastric disease by acid responsive adherence Cell Host & Microbe. Mar 8;21(3):376-389, doi: 10.1016/j.chom.2017.02.013

2017

Georgopoulos SD, Xirouchakis E, Martinez-Gonzalez B, Zampeli E, Grivas E, Spiliadi C, Sotiropoulou M, Petraki K, Zografos K, Laoudi F, Sgouras D, Mentis A, Kasapidis P, Michopoulos S. (2016) Ran-domized clinical trial comparing ten day concomitant and sequential therapies for Helicobacter pylori eradication in a high clarithromycin resistance area. Eur J Intern Med. pii: S0953-6205(16)30080-2. doi: 10.1016/j.ejim.2016.04.011.

Costa AM, RM Ferreira, I Pinto-Ribeiro, IS Sougleri, MJ Oliveira, L Carreto, MA Santos, DN Sgouras, F Carneiro, M Leite and C Figueiredo (2016) Helicobacter pylori activates matrix metalloproteinase-10 in gastric epithelial cells via EGFR and ERK-mediated pathways. J Infect Dis. 213(11): 1767-76 doi: 10.1093/infdis/jiw031

2016

Sougleri IS, KS Papadakos, MP Zadik, M Mavri-Vavagianni, AF Mentis and DN Sgouras (2015) Heli-cobacter pylori CagA protein induces factors involved in the Epithelial-to–Mesenchymal-Transition (EMT) in infected gastric epithelial cells in an EPIYA- phosphorylation-dependent manner. FEBS J. 283(2): 206-220 doi: 10.1111/febs.13592

Sgouras DN, Trang TT, Yamaoka Y. (2015) Pathogenesis of Helicobacter pylori Infection. Helicobac-ter. Sep;20 Suppl 1:8-16. doi: 10.1111/hel.12251.

2015

Tropcheva R, Hristova J, Georgieva R, Salageanu A, Sgouras DN, Danova S (2013) In vitro assess-ment of prebiotic utilization by dairy lactobacilli. Bulgarian J. Agric. Sci, 19, 105-107.

Georgopoulos SD, Xirouchakis E, Martinez-Gonzalez B, Sgouras DN, Spiliadi C, Mentis AF, and Laoudi F. (2013) Clinical evaluation of a ten day regimen with Esomeprazole, Metronidazole, Amoxicil-lin, and Clarithromycin for the eradication of Helicobacter pylori in a high Clarithromycin resistance ar-ea. Helicobacter. 2013 Dec; 18(6):459-67.

Papadakos KS, Sougleri IS, Mentis AF, Hatziloukas E, Sgouras DN. (2013) Presence of Terminal EPIYA Phosphorylation Motifs in Helicobacter pylori CagA Contributes to IL-8 Secretion, Irrespective of the Number of Repeats. PLoS One 8:e56291.

Papadakos KS, Sougleri IS, Mentis AF, Sgouras DN. (2013) A Mutagenesis Method for the Addition and Deletion of Highly Repetitive DNA Regions: The Paradigm of EPIYA Motifs in the cagA Gene of Helicobacter pylori. Helicobacter; 18(3):229-41.

2013

Mueller D, Tegtmeyer N, Brandt S, Yamaoka Y, De Poire E, Sgouras D, Wessler S, Torres J, Smolka A, Backert S. (2012) c-Src and c-Abl kinases control hierarchic phosphorylation and function of the CagA effector protein in Western and East Asian Helicobacter pylori strains. Journal of Clinical Inves-tigation 122:1553-1566.

Altman E, Chandan V, Harrison BA, Panayotopoulou EG, Roma-Giannikou E, Li J, Sgouras DN. (2012) Helicobacter pylori isolates from Greek children express type 2 and type 1 Lewis and alpha 1,6-glucan antigens in conjunction with a functional type IV secretion system. Journal of Medical Mi-crobiology 61:559- 566.

Boziki M, Grigoriadis N, Deretzi G, Lagoudaki R, Panayotopoulou E, Sgouras D, Mentis A, Tascos N, Kountouras J. (2012) Helicobacter pylori Immunomodulative Properties in a Mouse Model of Multiple Sclerosis. Immunogastroenterology 1: 34-39

2012

Breurec S, Michel R, Seck A, Brisse S, Come D, Dieye FB, Garin B, Huerre M, Mbengue M, Fall C, Sgouras DN, Thiberge JM, Dia D, Raymond J. (2011) Clinical relevance of cagA and vacA gene pol-ymorphisms in Helicobacter pylori isolates from Senegalese patients. Clinical Microbiology and Infec-tion 18:153-159.

Breurec S, Guillard B, Hem S, Papadakos KS, Brisse S, Huerre M, Monchy D, Oung C, Sgouras DN, Tan TS, Thiberge J-M, Vong S, Raymond J, Linz B. (2011) Expansion of European vacA and cagA alleles to East-Asian Helicobacter pylori strains in Cambodia. Infection Genetics and Evolution 11:1899-1905.

2011

Roma-Giannikou E, Roubani A, Sgouras DN, Panayiotou J, van-Vliet C, Polyzos A, Roka K, Daikos G. (2010) Endoscopic Tests for the Diagnosis of Helicobacter pylori Infection in Children: Validation of Rapid Urease Test. Helicobacter 15:227-232.

Panayotopoulou EG, Sgouras DN, Papadakos KS, Petraki K, Breurec S, Michopoulos S, Mantzaris G, Papatheodoridis G, Mentis A, Archimandritis A. (2010) CagA and VacA Polymorphisms Are Associat-ed with Distinct Pathological Features in Helicobacter pylori-Infected Adults with Peptic Ulcer and Non-Peptic Ulcer Disease. Journal of Clinical Microbiology 48:2237-2239.

2010

Sgouras DN, Panayotopoulou EG, Papadakos K, Martinez-Gonzalez B, Roumbani A, Panayiotou J, vanVliet-Constantinidou C, Mentis AF, Roma-Giannikou E. (2009) CagA and VacA Polymorphisms Do Not Correlate with Severity of Histopathological Lesions in Helicobacter pylori-Infected Greek Children. Journal of Clinical Microbiology 47:2426-2434.

Maragkoudakis PA, Papadelli M, Georgalaki M, Panayotopoulou EG, Martinez-Gonzalez B, Mentis AF, Petraki K, Sgouras DN, Tsakalidou E. (2009) In vitro and in vivo safety evaluation of the bacteri-ocin producer Streptococcus macedonicus ACA-DC 198. International Journal of Food Microbiology 133:141-147.

Alam MZ, Haralambous C, Kuhls K, Gouzelou E, Sgouras D, Soteriadou K, Schnur L, Pratlong F, Schoenian G. (2009) The paraphyletic composition of Leishmania donovani zymodeme MON-37 re-vealed by multilocus microsatellite typing. Microbes and Infection 11:707-715.

2009

Paraschos S, Magiatis P, Mitakou S, Petraki K, Kalliaropoulos A, Maragkoudakis P, Mentis A, Sgour-as D, Skaltsounis A-L. (2007) In vitro and in vivo activities of chios mastic gum extracts and constitu-ents against Helicobacter pylori. Antimicrobial Agents and Chemotherapy 51:551-559.

Panayotopoulou EG, Sgouras DN, Papadakos K, Kalliaropoulos A, Papatheodoridis G, Mentis AF, Ar-chimandritis AJ. (2007) Strategy to characterize the number and type of repeating EPIYA phosphory-lation motifs in the carboxyl terminus of CagA protein in Helicobacter pylori clinical isolates. Journal of Clinical Microbiology 45:488-495.

2007

Sgouras DN, Panayotopoulou EG, Martinez-Gonzalez B, Petraki K, Michopoulos S, Mentis A. (2005) Lactobacillus johnsonii La1 attenuates Helicobacter pylori-associated gastritis and reduces levels of proinflammatory chemokines in C57BL/6 mice. Clinical and Diagnostic Laboratory Immunology 12:1378- 1386.

2005

Sgouras D, Maragkoudakis P, Petraki K, Martinez-Gonzalez B, Eriotou E, Michopoulos S, Kalantzopoulos G, Tsakalidou E, Mentis A. (2004) In vitro and in vivo inhibition of Helicobacter pylori by Lactobacillus casei strain Shirota. Applied and Environmental Microbiology 70:518-526.

De Vuyst L, Makras L, Avonts L, Holo H, Yi Q, Servin A, Fayol-Messaoudi D, Berger C, Zoumpopou-lou G, Tsakalidou E, Sgouras D, Martinez-Gonzales B, Panayotopoulou E, Mentis A, Smarandache D, Savu L, Thonart P, Nes I. (2004) Antimicrobial potential of probiotic or potentially probiotic lactic acid bacteria, the first results of the International European Research Project PROPATH of the PROEU-HEALTH cluster. Microbial Ecology in Health and Disease 16:125-130. Δείκτης Απήχησης: 0.780, Αναφορές: 16

2004

Hynes SO, Broutet N, Wadstrom T, Mikelsaar M, O'Toole PW, Telford J, Engstrand L, Kamiya S, Mentis AF, Moran AP. Phenotypic variation of Helicobacter pylori isolates from geographically distinct regions detected by lectin typing. J Clin Microbiol. 2002 Jan;40(1):227-32.

2002

Kalpoutzakis E, Aligiannis N, Mentis A, Mitaku S, Charvala C. Composition of the essential oil of two Nepeta species and in vitro evaluation of their activity against Helicobacter pylori. Planta Medica, 2001:67,880-3.

Petridou Ε, Dalamaga M, Mentis A, Skalkidou A, Moustaki M, Karpathios T, Trichopoulos D, and the Childhood Haematologists-Oncologists Group. Evidence supporting the infectious aetiology of child-hood leukaemia: the role of low herd immunity. Cancer Causes Control Journal, 2001:12,645-52.

Magiatis P, Spanakis D, Mitaku S, Tsitsa E, Mentis A, Harvala C. Verbalactone, a new macrocyclic dimer lactone from the roots of Verbascum undulatum with antibacterial activity. Nat Prod, 2001:64, 1093-4.

2001

Georgopoulos, S. Ladas, S Karatapanis, AF Mentis, Ch Spiliadi, V. Artikis, SA Raptis. Factors that may affect treatment outcome of triple Helicobacter pylori eradication therapy with omeprazole, amoxicillin, and clarithromycin. Dig Dis Sci, 2000;45:63-67.

2000