ΥΠΟΔΟΜΗ
Η BiGen είναι εξοπλισμένη με αναλυτές τελευταίας τεχνολογίας με συμπληρωματικά χαρακτηριστικά, ώστε να προσφέρουν μέγιστη ευελιξία στο σχεδιασμό πειραμάτων οποιασδήποτε τεχνολογίας και οποιασδήποτε κλίμακας.
Ο αναλυτής Illumina NextSeq 2000 χρησιμοποιεί τεχνολογία ενσωματωμένων αντιδραστηρίων σε κασέτα, απλοποιώντας σημαντικά την πειραματική διαδικασία. Υποστηρίζει μεσαίας-μεγάλης κλίμακας εφαρμογές NGS, έχοντας την δυνατότητα να παράγει από 100 εκατ. έως 2.4 δις αναγνώσεις (reads) (30-360Gb), ενώ προσφέρει μεγάλη ευελιξία στον συνδυασμό πολλαπλών δειγμάτων και στην συμβατότητα με αντιδραστήρια πολλών εταιριών. Είναι ιδανικός για μεθόδους όπως exome sequencing, target enrichment, single-cell profiling, transcriptome sequencing, epigenomics κλπ.
Ο αναλυτής Ion S5 NGS system (ThermoFisher Scientific) εκμεταλλεύεται την τεχνολογία των ημιαγωγών για την παραγωγή δεδομένων υψηλής ποιότητας σε λιγότερο από 2.5 ώρες. Ο Ion S5 συνοδεύεται από το σύστημα Ion OneTouch 2 που πραγματοποιεί την προετοιμασία του δείγματος και τον εμπλουτισμό. Κάνει χρήση αντιδραστηρίων σε κασέτα και προσφέρει μεγάλη ευελιξία σε εφαρμογές μεσαίας κλίμακας (0.6 – 30Gb) όπως targeted gene panel sequencing, pathogens WGS κλπ.
Ο αναλυτής MinION NGS (Oxford Nanopore Technologies) είναι μία πλατφόρμα μικρής κλίμακας αν και είναι πλέον σε θέση να παράγει μέχρι 30 Gb δεδομένων DNA (7-12 εκατ. αναγνώσεις). Χαρακτηριστικό της πλατφόρμας είναι οι αναγνώσεις εξαιρετικά μεγάλου μήκους (εκατοντάδες χιλιάδες βάσεις) κάνοντάς τον ιδανικό για πειράματα δομικής γενωμικής. Επιπλέον τα δεδομένα συλλέγονται σε πραγματικό χρόνο.
O αναλυτής SeqStudio Genetic Analyzer (Applied Biosystems) είναι ένα μικρού μεγέθους, 4-capillary, σύστημα τριχοειδικής ηλεκτροφόρησης (Sanger), που χρησιμοποιεί αντιδραστήρια σε κασέτα, παρέχοντας την δυνατότητα για ταυτόχρονη αλληλούχιση και ανάλυση μεγέθους θραυσμάτων DNA.
Η πλατφόρμα Chromium Controller χρησιμοποιεί εξειδικευμένα microfluidics για να απομονώσει μονήρη κύτταρα (single cell) και να τα κωδικοποιήσει μέσα σε λίγα λεπτά. O Chromium Controller επιτρέπει την ανάλυση μονήρων κυττάρων σε μαζική κλίμακα και σε πολλές διαστάσεις όπως: gene expression, cell surface proteins, immune clonotype, antigen specificity, and chromatin accessibility.
Έλεγχος ποιότητας
Ο έλεγχος ποιότητας των δειγμάτων και των βιβλιοθηκών εκτελείται με το σύστημα 2100 Bioanalyzer το οποίο είναι καθιερωμένο εργαλείο αυτόματης ηλεκτροφόρησης. Το 2100 Bioanalyzer, μαζί με το 2100 Expert Software, παρέχει υψηλής ακρίβειας αναλύσεις διαφόρων τύπων δειγμάτων σε πειραματικές ροές. Ξεκινώντας από ελάχιστη ποσότητα, και σε διάστημα λίγων λεπτών, τα ψηφιακά δεδομένα προσφέρουν αντικειμενική αξιολόγηση μεγέθους, ποσότητας, ακεραιότητας και καθαρότητας σε δείγματα DNA, RNA και πρωτεΐνών.
Η ποσοτική μέτριση των βιβλιοθηκών επιτυγχάνεται επίσης και με το Qubit 4 Fluorometer (Invitrogen). Το Qubit 4 είναι σχεδιασμένο να μετράει με ακρίβεια την συγκέτρωση δειγμάτων DNA, RNA και πρωτεϊνών ενώ το συγκεκριμένο μοντέλο είναι σε θέση να αξιολογίσει την ποιότητα και την ακεραιότητα δειγμάτων RNA.
Specialized computing services
Η μονάδα BiGen διαθέτει ειδικό γραφείο βιοπληροφορικών αναλύσεων, με 4 τερματικά υψηλών επιδόσεων (Linux workstations) και ένα κεντρικό server (2x Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2670 v3 @ 2.30GHz, 128 GB RAM, 2x4TB(raw) HDD in RAID, 1x 200GB(raw) SSD) με εγκατεστημένα και επικαιροποιημένα βιοπληροφορικά εργαλεία και αναλυτικές ροές. Ο Server είναι προσβάσιμος και εξ αποστάσεως ενώ εξειδικευμένο προσωπικό IT φροντίζει για την απρόσκοπτη λειτουργία του. Νέο λογισμικό μπορεί να εγκατασταθεί ανά πάσα στιγμή ενώ δεν υπάρχουν περιορισμοί στην διάθεση των πόρων και της υπολογιστικής ισχύος.