Οπτική Μικροσκοπία & Κυτταρομετρία Ροής

ΟΠΤΙΚΗ ΜΙΚΡΟΣΚΟΠΙΑ

Υπεύθυνοι Ερευνητές

Mimika Thomadou

Δήμητρα Θωμαΐδου

Διευθύντρια Ερευνών, Εργαστήριο «Νευρικά Βλαστικά Κύτταρα και Νευροαπεικόνιση», Τμήμα Νευροβιολογίας
Tel.: 210 6478 833
Email: thomaidou@pasteur.gr CV

H_BOLETI photo80.80

Χαραλαμπία Μπολέτη

Κύρια Ερευνήτρια, Εργαστήριο «Ενδοκυττάριος Παρασιτισμός», Τμήμα Μικροβιολογίας
Tel.:210 6478879
Email:hboleti@pasteur.gr CV

ΣΚΟΠΟΣ

Η Μονάδα Οπτικής Μικροσκοπίας του Ελληνικού Ινστιτούτου Παστέρ (ΜΟΜ-ΕΙΠ) είναι μία από τις πιο σύγχρονες και άρτια εξοπλισμένες απεικονιστικές μονάδες Μικροσκοπίας στην Ελλάδα. Στόχος της ΜΟΜ είναι να παρέχει προηγμένες υπηρεσίες και «εργαλεία» Οπτικής Μικροσκοπίας στους επιστήμονες του ΕΙΠ καθώς και σε επιστήμονες από άλλα ερευνητικά ιδρύματα και Πανεπιστήμια.

Διαβάστε Περισσότερα

Η ΜΟΜ στελεχώνεται από δύο έμπειρες ερευνήτριες με μεγάλη εμπειρία σε σύγχρονες τεχνικές μοριακής και κυτταρικής απεικόνισης και μια άρτια εκπαιδευμένη τεχνικό. Από το 2018, μέσω του προγράμματος της ΓΓΕΤ BIOIMAGING-GR (2018-2020) έχει γίνει πρόσληψη 3 νέων συνεργατών, μιας μεταδιδακτορικής ερευνήτριας και δύο υποψήφιων διδακτόρων.

Η ανάπτυξη της ΜΟΜ-ΕΙΠ και η εφαρμογή απεικονιστικών τεχνολογιών αιχμής, συμπληρώνονται και υποστηρίζονται από τη Μονάδα Πειραματοζώων και Διαγονιδιακής Τεχνολογίας/ Ζωϊκών Προτύπων Βιοϊατρικής Έρευνας οι οποίες σε συνδυασμό με τις Μονάδες  Βλαστοκυττάρων, Μικροχειρουργικής και Μεταμοσχεύσεων συνεισφέρουν μοναδικά στην ανάπτυξη της Μεταφραστικής Βιοϊατρικής  Έρευνας στη χώρα μας.

ΕΞΟΠΛΙΣΜΟΣ-Εφαρμογές

Η μονάδα είναι εξοπλισμένη με τρία  Συνεστιακά Μικροσκόπια, το ένα εκ των οποίων λειτουργεί και ως πολυφωτονικό και ένα μικροσκόπιο ευρέως πεδίου «Time lapse» υψηλής τεχνολογίας, με δυνατότητα βιντεοσκόπισης ζωντανών κυττάρων. Ο εξοπλισμός της Μονάδας Οπτικής Μικροσκοπίας είναι διαθέσιμος για χρήση από εξωτερικούς χρήστες από άλλα ερευνητικά ιδρύματα και πανεπιστήμια. Οι εφαρμογές μικροσκοπίας που πραγματοποιούνται στη Μονάδα είναι:

Διαβάστε Περισσότερα
  • Μικροσκοπία φθορισμού πολλαπλών καναλιών
  • Πολυχρωματική τρισδιάστατη απεικόνιση (3D imaging)
  • Απεικόνιση ζωντανών κυττάρων μακράς διάρκειας  (long time in vivo time-lapse experiments)
  • Πολυφωτονική μικροσκοπία (2-photon microscopy)
  • Απεικόνιση νευρικού συστήματος ζωντανών πειραματοζώων (Intravital imaging)
  • Δεύτερη αρμονική απεικόνιση (second harmonic imaging)
  • Τεχνική μεταφοράς ενέργειας με συντονισμό φθορισμού [Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET)] για την παρακολούθηση μοριακών αλληλεπιδράσεων σε ζωντανά κύτταρα
  • Επαναφορά φθορισμού μετά από φωτολεύκανση [Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP)]
  • Φασματοσκοπικός διαχωρισμός φθοριζουσών ουσιών (Spectral unmixing)
  • Επιδιόρθωση σήματος εικόνων που συλλέγονται με τη μικροσκοπία φθορισμού ευρέως πεδίου (Αποσυσχέτηση-Deconvolution)
  • Μελέτες συνεντοπισμού μορίων σε κύτταρα/ιστούς
  • Παρακολούθηση σωματιδίων (particle tracking)
  • Απεικόνιση ιόντων ασβεστίου (Calcium imaging)
  • Μικροσκοπία αντίθεσης φάσης (Phase contrast)
  • Μικροσκοπία αντίθεσης διαφορικής συμβολής (DIC-Nomarski)
  • Μέθοδοι επεξεργασίας, ανάλυσης και ποσοτικοποίησης ψηφιακής εικόνας

ΚΑΝΟΝΙΣΜΟΣ

Εγγραφή:

Οι νέοι χρήστες της Μονάδας Μικροσκοπίας καθώς και οι παλαιότεροι χρήστες που ξεκινούν ένα νέο project πρέπει να υποβάλλουν μία περίληψη του project στη Μονάδα Μικροσκοπίας. H πληροφορία αυτή είναι απαραίτητη για εμάς για να ξεκινήσoυμε την εισαγωγική εκπαίδευση των χρηστών στα μικροσκόπια και τον χειρισμό τους καθώς και στην υποστήριξη στη μεθοδολογία που θα ακολουθηθεί για την  προετοιμασία των δειγμάτων χωρίς καθυστερήσεις.   Μπορείτε να κατεβάσετε τη φόρμα υποβολής ερευνητικού project ( LMU Project submission form ) να τη συμπληρώσετε και να τη στείλετε στο exingi@pasteur.gr.

Διαβάστε Περισσότερα

Για τους χρήστες του ΕΙΠ:

Για τους επιστήμονες του ΕΙΠ η χρήση του Συνεστιακού μικροσκοπίου και του Μικροσκοπίου Olympus IX-81 Cell R γίνεται προς το παρόν μετά από κράτηση μέσω e-mail στο group e-mail address: imagingusers@pasteur.gr.Οι νέοι χρήστες της Μονάδας Μικροσκοπίας θα πρέπει να επικοινωνούν με το Τμήμα Μηχανογράφησης, ώστε η ηλεκτρονική τους διεύθυνση (e-mail address) να περιληφθεί στη λίστα imagingusers@pasteur.gr. Το πρόγραμμα για τη χρήση των μικροσκοπίων ξεκινά το νωρίτερο το μεσημέρι της Τετάρτης κάθε εβδομάδας και ισχύει για την επόμενη εβδομάδα. Ο μέγιστος χρόνος χρήσης του κάθε μικροσκοπίου ανά ημέρα είναι 4 ώρες ανά χρήστη, για μέγιστο αριθμό 2 φορών την εβδομάδα. Σε περίπτωση που δεν έχει γίνει κράτηση από άλλον χρήστη την ίδια ή άλλες μέρες ο χρόνος αυτός μπορεί να επεκταθεί. Σε περίπτωση που κάποιος χρήστης χρειάζεται να ακυρώσει το session που έχει κάνει κράτηση πρέπει να ενημερώνει εγκαίρως τους υπόλοιπους χρήστες μέσω e-mail στην ομαδική ηλεκτρονική διεύθυνση: imagingusers@pasteur.gr. Για τους επιστήμονες του ΕΙΠ η χρήση των μικροσκοπίων της μονάδας γίνεται χωρίς χρέωση.

Επίσης, για τη χρήση των ηλεκτρονικών υπολογιστών για ανάλυση εικόνας και ψηφιακών δεδομένων προς το παρόν πρέπει να γίνεται ενημέρωση στην υπεύθυνη τεχνικό της Μονάδας για το χρονικό διάστημα που επιθυμεί ο χρήστης να χρησιμοποιήσει τους υπολογιστές.

Για την εξοικονόμηση χρόνου ζωής  στα laser και στις λάμπες φθορισμού των μικροσκοπίων της Μονάδας, θα πρέπει τα συστήματα να μένουν όσο το δυνατόν λιγότερο χρόνο αχρησιμοποίητα από τη στιγμή που ανοίχθηκαν. Για το λόγο αυτό παρακαλούμε οι χρήστες να προγραμματίζουν έτσι το χρόνο κράτησης των μηχανημάτων, ώστε να κάνουν image acquisition για όλο το διάστημα κράτησης, χωρίς ενδιάμεσες διακοπές/διαλείμματα, όπου τα lasers του confocal και οι λάμπες φθορισμού μένουν ανοιχτά χωρίς λόγο.

Για εξωτερικούς χρήστες:

Δέσμευση του μικροσκοπίου γίνεται με τηλεφωνική επικοινωνία με την τεχνικό της Mονάδας. Συμβολική χρέωση ανά ώρα χρήσης: 30 € + ΦΠΑ.

Εκπαίδευση χρηστών:

Κάθε νέος χρήστης των δύο συστημάτων μικροσκοπίας καθώς και των λογισμικών για ανάλυση εικόνας και ψηφιακών δεδομένων της Mονάδας πρέπει να εκπαιδευτεί επαρκώς από την υπεύθυνη τεχνικό. Συγκεκριμένα ο νέος χρήστης πρέπει:

  • Να ενημερωθεί για τους κανόνες κράτησης και τις βασικές αρχές χρήσης των συστημάτων, καθώς και τις δυνατότητες που παρέχουν για τις συγκεκριμένες εφαρμογές που τον ενδιαφέρουν.
  • Nα εκπαιδευτεί από την υπεύθυνη τεχνικό της Μονάδας. στη χρήση του συστήματος που τον ενδιαφέρει και κατά τις τρεις πρώτες φορές που θα χρησιμοποιήσει το συγκεκριμένο σύστημα και μέχρι να εξοικειωθεί με τη χρήση του να πραγματοποιεί τις συνεδρίες με τη βοήθεια/ παρουσία της υπεύθυνης τεχνικού

Δημοσιεύσεις:

Στις ερευνητικές εργασίες που δημοσιεύονται και περιλαμβάνουν αποτελέσματα με τη χρήση των μικροσκοπίων ή/και προγραμμάτων ανάλυσης εικόνων της Μονάδας Οπτικής Μικροσκοπίας του ΕΙΠ, πρέπει να αναγνωρίζεται στα acknowledgments  η βοήθεια και η υποστήριξη από τη Μονάδα Οπτικής Μικροσκοπίας. Αντίγραφο της δημοσίευσης σε PDF θα πρέπει να αποστέλλεται στη Μονάδα Μικροσκοπίας.

Συνεργασίες:

Επιστημονικά projects μπορούν να πραγματοποιηθούν  σε συνεργασία με μέλη της Μονάδας Οπτικής Μικροσκοπίας του ΕΙΠ. Η συνεργασία τυπικά χαρακτηρίζεται από εντατική επιστημονική συμβολή, προετοιμασία και ανάλυση των δειγμάτων οπτικής μικροσκοπίας  ή/ και ανάπτυξη καινοτόμων απεικονιστικών πρωτοκόλλων. Σε αυτή την περίπτωση τα μέλη της Μονάδας Οπτικής Μικροσκοπίας που συμμετέχουν στην συνεργασία πρέπει να  συμμετέχουν   και στις επιστημονικές δημοσιεύσεις που θα προκύψουν.

ΕΚΠΑΙΔΕΥΣΗ ΧΡΗΣΗΣ ΜΙΚΡΟΣΚΟΠΙΩΝ ΚΑΙ ΑΝΑΛΥΣΗΣ ΕΙΚΟΝΑΣ

  1. Συνεστιακή Μικροσκοπία ( Leica SP5 manual, Leica_SP8 manual)
  2. Μικροσκοπία φθορισμού ευρέως πεδίου και βιντεοσκόπηση ζωντανών κυττάρων ( ΕΚΠΑΙΔΕΥΣΗ ΣΤΗ ΧΡΗΣΗ ΤΟΥ OLYMPUS Time lapse )
  3. Ανάλυση και επεξεργασία ψηφιακής  εικόνας:
Read More

ΕΠΙΜΟΡΦΩΤΙΚΑ ΣΕΜΙΝΑΡΙΑ ΟΠΤΙΚΗΣ ΜΙΚΡΟΣΚΟΠΙΑΣ ΚΑΙ ΑΝΑΛΥΣΗΣ ΕΙΚΟΝΑΣ

(Κλικάρετε για να δειτε λεπτομέρειες)

ΣΥΝΔΕΣΜΟΙ

Κάντε κλικ εδώ για να δείτε τους συνδέσμους

1. Πληροφορίες για τα συστήματα απεικόνισης της μονάδας Μικροσκοπίας του ΕΙΠ:
• Leica Microsystems
• Olympus microscop

2. Χρήσιμες πληροφορίες για μεθόδους μικροσκοπίας:

• Olympus Microscopy Resource Center
• Zeiss Campus
• Molecular expressions microscopy primer
• 3D Imaging (Pawley the 39 steps) 

3. Χρήσιμες πληροφορίες για ανάλυση εικόνας:

• Imaging_Processing_Course
• fiji.sc/wiki/index.php/DetectInformationLoss
• Quantitative Imaging for Colocalization Analysis

4. Βάσεις δεδομένων φθορισμογόνων ουσιών (fluorochromes, dyes) φάσματα και κατάλληλοι συνδιασμοί φίλτρων:

probes.invitrogen.com/resources/education/
www.cyto.purdue.edu/flowcyt/software/Spectra.htm
home.earthlink.net/~mpmicro/
www.mcb.arizona.edu/IPC/spectra_page.htm

5. Χρήσιμες πληροφορίες για αποσυσχέτη Deconvolution:

support.svi.nl/wiki/

6. Χρήσιμες πληροφορίες για FRET:

www.kcci.virginia.edu/index.php
www.pfid.org/html/un_fret/?en#link2

7. Πρακτικά μαθήματα Μικροσκοπίας:

• ELMI meetings
• FEBS advanced courses
• EMBO practical courses

ΔΗΜΟΣΙΕΥΣΕΙΣ

Η ΜΟΜ του ΕΙΠ ιδρύθηκε το 2001 και από τότε οι χρήστες του εξοπλισμού των μικροσκοπίων πραγματοποίησαν ερευνητικές μελέτες που οδήγησαν σε 39 δημοσιεύσεις στις οποίες τα μέλη της μονάδας συμμετέχουν ως συγγραφείς ή έχει αναγνωρισθεί η συμβολή τους.

ΧΡΗΜΑΤΟΔΟΤΗΣΗ

Οι Επιστήμονες που υποστηρίζουν την ΜΟΜ του ΕΙΠ έχουν συμμετάσχει είτε ως μέλη είτε ως επιστημονικοί υπεύθυνοι σε αρκετές αιτήσεις επιχορήγησης που κατάφεραν να προσελκύσουν χρηματοδότηση για τη ΜΟΜ είτε για την οργάνωση επιμορφωτικών σεμιναριακών μαθημάτων είτε για την αναβάθμιση του εξοπλισμού και την ανάπτυξη νέας μεθοδολογίας από τις ακόλουθες επιχορηγήσεις:

Διαβάστε Περισσότερα
  • ΒΙΟΙΜAGING GR 2018-2020: “Hellenic Research Infrastructure for the Imaging and Observation of Fundamental Processes in Biology and Medicine” (MIS 5002755) which is implemented under the Action “Reinforcement of the Research and Innovation Infrastructure”, funded by the Operational Programme «Competitiveness, Entrepreneurship and Innovation» (NSRF 2014-2020) and co-financed by Greece and the European Union (European Regional Development Fund, coordinator Dr. Tavernarakis, IMBB Forth).
  • Stavros Niarchos Foundations Sponsorships 2016-2020: «Development of innovative Biological products and health services for infectious and neurodegenerative diseases» (Coordinators Drs. R. Matsa and V. Myriagou)
  • Ηellenic State Scholarship Foundation (Ι.Κ.Υ.) and German Burau for Academics’ Exchanges (DAAD): IKYDA program 2014-2015: Astroglia activation and reprogramming in brain injury and repair: analysis by in vivo imaging (2P-LSM) of the brain (Scientific Responsible Dr. D. Thomaidou).
  • RIIP (Institut Pasteur International Network) International course 2016 :
    ” Cell Biology and infection: Digital Image Processing/Analysis Tools for Quantitative Light Microscopy Imaging”. Scientific Responsible Dr. H. Boleti
  • FP7 EU program 264083 NEUROSIGN 2010-2013: Development of Centre of Excellence in Neurosciences (cordinators. Dr.S. Tzartos– Dr. R. Matsa & Dr. L. Probert (Dr. D. Thomaidou Responsible for WP of purchasing the Infrastructure equipment for in vivo imaging).
  • RIIP (Institut Pasteur International Network) Regional course 2013:
    “Digital image processing/analysis tools in Light Microscopy: From the basics and beyond”. Scientific Responsible Dr. H. Boleti
  • Competitive grant from the Greek General Secretariat of Research and Technology in the context οφ European program «Human Networks for training in Research and Technology” 2004-2006 –Establishment of the Greek Light Microscopy Network Title: “Applications of Light Microscopy in Biomedical research and Diagnosis” In colaboration with the U. of Ioannina & U. of Crete Coordinator of the project and of the Network, HPI-LMU. (Scientific Responsible ¨Drs H. Boleti & D. Thomaidou)

ΜΕΛΗ

Xingi-120

Ευαγγελία Ξύγγη, PhD

Ειδικός Τεχνικός Επιστήμονας

Tel.: +30 210-6478834
Email: exingi@pasteur.gr

Πετρίνα80

Πετρίνα Κουμαριανού

Bιολόγος – Κυτταρικός Βιολόγος (BSc, MSc, PhD)
Μεταδιδακτορικός Συνεργάτης, Σεπτ. 2018-
Email: pkoumarianou@pasteur.gr

Irini Thanou-airbrush-resized

Ειρήνη Θάνου

Υποψήφια Διδάκτωρ
Email: irthanou@pasteur.gr

Antoniou

Nάσια Αντωνίου

Υποψήφια Διδάκτωρ
Email: nantoniou@pasteur.gr

ΚΥΤΤΑΡΟΜΕΤΡΙΑ ΡΟΗΣ

Οι εγκαταστάσεις της Κυτταρομετρίας Ροής (FACS) FACS του ΕΙΠ υποστηρίζονται από μια ερευνήτρια και μια τεχνικό που παρέχουν επιστημονικές συμβουλές και τεχνική βοήθεια στους χρήστες. Τα όργανα της εγκατάστασης FACS χρησιμοποιούνται από ερευνητές του Ινστιτούτου για πολλαπλές μελέτες, όπως ο διαχωρισμός κυτταρικών πληθυσμών και η ανίχνευση αρκετών παραμέτρων με φθορισμό καθώς και μορφολογικά χαρακτηριστικά των κυττάρων με πρόσθια και πλευρική σκέδαση (FSC & SSC) για μελέτη των χαρακτηριστικών κυττάρων του ανοσοποιητικού συστήματος καθώς και άλλων κυτταρικών πληθυσμών, την ανίχνευση απόπτωσης, τον κυτταρικό θάνατο, την ανάλυση κυτταρικού κύκλου, την κυτταρική διαίρεση κλπ.

Υπεύθυνη Ερευνήτρια

Ειδικός Τεχνικός Επιστήμονας

Despoina Smirlis

Δέσποινα Σμυρλή, PhD

Εντεταλμένη Ερευνήτρια
Τηλ.: +30 210-6478841, +30 210-6478827
Email: penny@pasteur.gr

Xingi-120

Ευαγγελία Ξύγγη, PhD

PhD
Τηλ.: +30 210-6478834
Email: exingi@pasteur.gr

Top